조사대상 표본의 크기가 작았고 일부 조사내용은 예비조사 차원에서 실시되었다는 연구의 제한점이 있기는 하지만, 본 연구를 통해서 사백신과 생백신의 효능과 이상반응 발생에 뚜렷한 차이가 없음이 확인되었다. 그러나 장기적인 안전성과 관련한 근거는 오랜 기간 동안 사용해온 사백신의 경우 더욱 명확하다고 할 수 있다. 따라서 사백신을 국가예방접종사업의 표준방법으로 채택하고 있는 것은 합리적 판단이라고 할 수 있다. 향후 일본뇌염 국가예방접종사업의 효율화를 위해서는 대규모 표본을 대상으로 접종양상과 시간경과에 따른 중화항체가 차이가 평가되어야 하며, 발생 가능성이 상존하고 있는 중증 이상반응에 대한 철저하고 지속적인 감시활동이 강화되어야 한다. 또한 교차접종과 관련한 명확하고 과학적인 기준이 설정되어야 할 것이다.