차세대 염기서열 해독 기술이 계속 발전함에 따라서, reference genome에 mapping해야 하는 read들
의 길이가 점점 길어지고 있는 추세이므로, 이러한 작업을 효율적으로 수행할 수 있는 다양한 프로그
램을 갖는 것은 매우 바람직한 일이다. 특히, FM-index를 활용하는 알고리즘들은 적은 메모리 요구량
으로도 빠른 처리속도를 보여 주고 있지만, 현재까지 FM-index를 활용하면서도 길이가 긴 서열들을
효율적으로 mapping할 수 있는 프로그램은 BWASW 및 Bowtie2 뿐이었기 때문에, FM- index를 활
용하되, 다른 방식으로 read를 mapping하는 방법으로 속도 및 정확도를 개선할 수 있는 방법을 찾아
볼 필요가 있다.
본 연구에서는 Bowtie를 활용하여 seed match를 찾고, heuristics를 활용하여 seed들을 연결하는 방
식으로 1차 년도에 개발된 SEWTIE를 기능적으로 개선하였다. 연구의 목적이 exome sequencing
read를 잘 mapping하는 tool을 개발하는 것이기 때문에, simulated exome read들을 이용한 mapping
의 정확도, 메모리 사용량, 수행속도의 관점에서 다른 프로그램들과(BWASW 및 Bowtie2) 비교를 수
행하였다.
그 결과는 기준에 따라 다른 양상을 보여 주고 있고, Bowtie2와 BWASW의 정확성이 이미 매우 높
은 수준이지만, 본 연구에서 개발하여 개선한 SEWTIE는 BWASW 와 Bowtie2 보다 어려운 데이터
셋트에 대해서 높은 mapping의 정확도를 보여주고 있으며, 수행속도는 read length에 따라서 다르지
만, 평균 800 bp read들에 대해서는 가장 빠른 속도를 보여주고 있고, 메모리 사용량은 세 프로그램
가운데 가장 적다.