국내 임상 분리 카바페넴 내성 균주를 카바페넴 항생제 감수성 시험을 테스트하여 총 15균
주를 선별하였다. 선별된 균주들은 genomic DNA를 추출한 후 이들의 균주 확인을 위해 이
들의 16S rRNA gene을 sequencing하여 확인을 하였다. 확인된 균주들은 Illumina paired
end library를 만들기 위해 Trueseq library kit을 이용을 하였다. 만들어진 library는
real-time PCR을 통해 그 efficiency를 internal standard와 비교하여 계산된 양만큼을
sequencing 반응에 넣어주었다. Illumina 기기를 통해 얻은 raw data들은 CLC genomics
workbench (Clcbio)를 이용하여 Assemble을 하였다. 이 후 이들의 정보를 구축된 pipeline
을 이용하여 annotation을 시행하였다. annotation을 한 결과물들은 모두 clg file로 만들어
저장해 두었다. 각 종의 genome sequence들을 같은 종의 알려진 전유전체들과 genome
tree를 그린 후 가장 비슷한 균주들과 비교유전체 분석을 하였다. 비교유전체 분석을 한 결
과 비슷한 gene의 유무를 homolog_cds table로 얻고 이들의 결과를 바탕으로 임상적인 해
석을 시도하였다. 해석을 하는데 sequence를 더 얻어서 길게 이을 필요가 있는 균주들을 선
별하여 이들 균주들을 454 sequencing을 얻기 위해 library를 제작하고 seqeunce를 획득하
였다. 획득된 454 sequence들은 GS Assembler (Roche)를 통해 assemble을 한 후,
in-house software를 통하여 illumina read sequence와 hybrid를 하여 이들을 긴 contig로
만들었다. 454의 결과와 hybrid를 하여 얻은 contig들을 다시 annotation을 하여 다른 균주
들과 비교를 했다. 분석을 통해 얻은 clg file들은 SQL을 기반으로 한 database로 구축을 하
였다.