본문으로 바로가기 주메뉴 바로가기

사용자별 맞춤메뉴

자주찾는 메뉴

추가하기
닫기

연구·사업

contents area

detail content area

분석도구

CLOCHE

  • Comprehensive Linux system for Gene Regulator association analysis
  • 열린 염색질 분석을 위한 통합 리눅스 시스템
열린 염색질 분석을 위한 통합적 리눅스 시스템 구축 모식도/구현결과

<개요 및 활용>
  • 열린 염색질 분석을 위한 프로그램 조사
  • 프로그램 통합을 위한 수집 및 통합 시스템 구축
  • 유전자 전사 조절 부위 에 대한 네트워크 분석을 위한 데이터베이스 구축
  • 통합된 열린 염색질 분석을 위한 리눅스 라이브 시스템 구축

PubCluster 1.0

  • 생물학적 지식 네트워크 기반의 서지자료 분류도구
  • 생물학적 의미를 반영한 서지자료 분석

TDsim 1.0

  • RNA-seq 자료의 시뮬레이션 도구
  • 전사체 자료 분석도구의 성능 측정

네트워크 클러스터링 기법 기반의 질병유전자 추론 프로그램

  • 유전자 기능 분석을 통한 질병 연관성 예측

서열정보 분석 시스템

  • 대용량의 짧은 서열을 참조 유전체에 매핑하는 것과 매핑된 데이터에 대한 다양한 전처리 작업의 수행능력을 향상시키는 방
  • 법에 대한 연구 및 개발을 수행하여 서열정보 분석을 위한 시스템에 대한 기반 확보를 목적으로 함
<자료>
Three-layer BAM file manipulation model
Three-layer BAM file manipulation model
http://biomi.cdc.go.kr/hibam/

<개요 및 활용>
  • 최근 NGS 기술을 활용한 많은 연구들은 대용량의 유전체 서열데이터를 생산하는데 이들 대용량 데이터를 처리하는데 기존의 도구들은 많은 수행 시간이 소요됨
  • 3-계층 모델을 기반으로 BAM 파일 처리 작업을 입력작업, 처리작업, 출력작업으로 분리하여 서로 독립적으로 수행하도록 설계함
  • 정렬 작업의 경우 전체 매핑 결과를 메모리에 적재하여 처리하는데 많은 메모리가 필요한데 염색체 별로 전체 BAM 파일을 분리하여 메모리 요구 사항을 줄이고 전체 분석 작업을 병렬로 수행할 수 있도록 설계함
  • 고성능 컴퓨터의 성능을 100% 활용하여 NGS 데이터 처리작업을 수행하는데 활용 가능함

GWAS-LD

  • 질병연구 참조유전체 분석을 위한 유전변이 발굴 도구
http://GwasLD.sf.net
http://GwasLD.sf.net

<개요 및 활용>
  • 질병연구 참조 유전체 분석을 위한 유전변이 발굴 도구
  • SNP과 그 LD 관계에 있는 SNP의 GWAS Catalog Annotation 정보 검색 소프트웨어.
  • 1000 Genomes 와 Hapmap Project에서 제공하는 인종 변이 및 질병 정보 제공.
  • 서비스 제공 인종 : Asian, African, Caucasian.

Genovar: NGS 및 aCGH 데이터를 이용한 유전자복제수변이 분석 시스템

  • aCGH 데이터 및 NGS 서열 정렬 결과를 활용하여 CNV 분석에 활용하는 정보 분석 시스템 개발
   http://genovar.sf.net/
http://genovar.sf.net/

<개요 및 활용>
NGS 및 aCGH 데이터를 이용한 유전자복제수변이 분석 시스템
  • NGS 자료의 copy number variation을 발견하기 위해 제작된 도구
  • Smith-Waterman array (SW-array)방법을 이용하여 복제수 변이 부분을 찾아냄
  • 복제수 변이 부분의 시각화

HIA: A genome mapper using Hybrid Index-based sequence Alignment

  • NGS 시퀀싱 기술의 발전으로 폭발적으로 생산되는 시퀀싱 데이터에 대한 매핑 도구
NGS 자료를 참조 유전체에 매핑하는 도구
<개요 및 활용>
NGS 자료를 참조 유전체에 매핑하는 도구
  • 해쉬 데이블 색인과 서픽스 어레이 색인을 결합한 하이브리드 색인 생성
  • 매핑의 성능 향상을 위하여 입출력과 매핑 작업의 분리 및 매핑 작업의 멀티 쓰레딩 구현
  • NGS 자료의 질을 테스트 할 수 있는 기능 구현
  • 출력 파일 포맷의 경우 SAM 형식 지원
  • 시뮬레이션 NGS 자료와 실제 자료를 이용하여 다른 매핑 도구와 성능 비교

CoNoVar

  • aCGH 데이터를 이용한 유전자복제수변이(CNV) 분석 시스템

CNVAS

  • Copy Number Variation Analysis System
  • GUI(graphic user interface) 기반의 복제수변이 분석 도구
  • 사용자의 자료를 저장할 수 있는 데이터베이스 시스템 연동

2010

BIRR-Data Man

  • Biomedical Informatics Research platform-Data Management System
  • 대규모의 SNP Genotype 자료와 역학 데이터에 대하여 연구자의 접근성을 향상시킴으로써 다양한 생명 의료 관련 연구에 필요한 데이터의 손쉬운 통합 관리 가능
TOP